بنیاد بیل و ملیندا گیتس به‌دست بیل گیتس و همسرش ملیندا در ژانویه سال ۲۰۰۰ میلادی از درهم‌آمیختن دو بنیاد آموزش گیتس و ویلیام اچ گیتس به‌وجودآمد. بنیاد آموزش گیتس از بنیاد کتابخانه گیتس که در سال ۱۹۹۶ میلادی گشایش شده بود شکل گرفت. این بنیاد خیریه در آغاز به دست بیل گیتس در سال ۲۰۰۰ میلادی با سرمایه ۱۰۶ میلیون دلار بنیانگذاری شد. در طول دو سال کار این انستیتو، سرمایهٔ آن به ۲ میلیارد دلار افزایش یافت.در ماه ژوئن سال ۲۰۰۶ میلادی گیتس تصمیم خود را برای بیرون آمدن از کارهای روزمره مایکروسافت و گذاشتن کامل وقت خود همراه با بونو، خواننده گروه ایرلندی یوتو، که نامش در ژورنال تایم برای کارهای خیرخواهانه در سال ۲۰۰۵ میلادی آورده شده است تا ماه ژوئیه سال ۲۰۰۸ میلادی اعلام کرد.
در ماه مه ۲۰۰۶ میلادی بنیاد بیل و ملیندا گیتس جایزه اسپانیایی شاهزاده آستوریاس را برای همکاری‌های جهانی و میان‌کشوری به‌دست‌آورد.
گیتس تمام منافع حاصل از دو کتاب خود را به موسسات غیرانتفاعی، که استفاده از تکنولوژی در آموزش و افزایش مهارت‌ها را حمایت می‌کردند اختصاص داده‌است. بشر دوستی در نزد گیتس از اهمیت بالایی برخوردار است. او و همسرش ملیندا، با سرمایه ۲۸٫۸ میلیارد دلار در این مؤسسه خیریه‌ای موجب گسترش فعالیت‌های بشردوستانه را در زمینه‌های بهداشت جهانی و آموزش شدند. با این امید که در قرن بیست و یکم تمام مردم دنیا به آموزش و بهداشت دسترسی داشته باشند، با تولید واکسن‌های بیل گیتس و کمک‌هایش به بهداشت،6 میلیون نفر زنده مانده‌اند،این مؤسسه مبلغ ۳٫۶ میلیارد دلار به بهداشت جهانی، ۲ میلیارد دلار به توسعه آموزش در مناطقی که سطح درآمد مردم پایین می‌باشد، اهدا کرده است، که در آمریکا و کانادا به صورت اهدا کامپیوتر و دسترسی به اینترنت برای همگان در کتابخانه‌های عمومی بوده است. کمک‌های بنیاد بیل گیتس به بهداشت جهانی، بیشتر از هزینه‌هایی است که سازمان بهداشت جهانی (WHO) به بهداشت جهان می‌کند
شرکت مایکروسافت درآمدی معادل ۳۹٫۷۹ میلیارد دلار در پایان سال مالی ۲۰۰۵ داشته است و در حدود ۶۱ هزار نفر کارمند در بیشتر از ۱۰۲ کشور جهان دارد. در پانزدهم جون سال ۲۰۰۶ شرکت مایکروسافت اعلام کرد که در ماه ژوئیه ۲۰۰۸ بیل گیتس از کار روزمره شرکت به منظور صرف زمان بیشتر در کار سلامت جهانی و آموزش در بنیاد بیل و ملیندا گیتس کنار رفت.